Năm 1993 khủng hoảng Hiến pháp Nga nổ ra giữa Tổng thống Boris Yeltsin và Đại hội Đại biểu Nhân dân Liên bang Nga,Xô viết Tối cao Nga. Đại hội Đại biểu Nhân dân không đồng ý với cách điều hành Chính phủ của Yeltsin, điều hành kinh tế và sửa đổi thay thế Hiến pháp 1978 vẫn còn hiệu lực. Vào ngày 21/9/1993 Yeltsin ra nghị định yêu cầu giải tán Đại hội Đại biểu Nhân dân thay bằng 1 cơ quan lập pháp mới, gia tăng quyền hạn của Tổng thống. Trong cuộc xung đột Yeltsin được quân đội ủng hộ đã thắng thế. Hiến pháp mới ra đời thay cho Hiến pháp 1978, giải tán Đại hội Đại biểu Nhân dân thay bằng 2 cơ quan lập pháp là Hội đồng Liên bang và Duma Quốc gia.

Hội đồng Liên bang đã có 4 giai đoạn cải cách:

Giai đoạn thứ nhất (1994-1996)

Cuộc bầu cử Hội đồng đầu tiên diễn ra ngày 12/12/1993 đồng thời bầu cử Duma Quốc gia và trưng cầu dân ý về bản dự thảo Hiến pháp mới.Thành viên Hội đồng Liên bang do các nhân dân chủ thể bầu ra, mỗi chủ thể lựa chọn 2 ứng viên đa số lựa chọn vào Hội đồng Liên bang. Hội đồng tổ chức phiên họp đầu và cuối ngày 11/1/1994-15/1/1996

Giai đoạn thứ hai (1996-2001)

Năm 1995 cải cách Hội đồng Liên bang 2 ứng viên đề cử vào Hội đồng Liên bang của các chủ thể là Chủ tịch cơ quan lập pháp chủ thể và thống đốc (hay người đứng đầu hành pháp) của chủ thể. Hội đồng tổ chức phiên họp đầu và cuối ngày 23/1/1996-26/12/2001.

Giai đoạn thứ ba (2002-2012)

Do bất cập về sự lạm dụng quyền lực của thống đốc (hay người đứng đầu hành pháp) được miễn trừ truy tố pháp luật, Tổng thống Putin đã đề xuất cải cách Hội đồng. Người đứng đầu 2 cơ quan hành pháp và lập pháp của chủ thể không được ứng cử vào Hội đồng. Thay vào đó bằng 2 ứng viên độc lập hơn do người đứng đầu 2 ngạch hành pháp và lập pháp đề cử, thành viên của Hội đồng sẽ thay đổi theo sự thay đổi nhân sự cấp cao từ các chủ thể liên bang. Hội đồng Liên bang lần thứ 3 được hình thành ngày 1/1/2002 đến tháng 12/2012.

Giai đoạn thứ tư (2012-nay)

Ứng viên Thượng viện là người có đủ 3 điều kiện:

• trên 30 tuổi
• có danh tiếng tốt
• có hơn 5 năm cư trú tại chủ thể

Ứng viên từ cơ quan lập pháp có thể là đại biểu cơ quan lập pháp hoặc được đề cử bởi người đứng đầu, nhóm đại biểu. Quyết định được thông qua đa số

Ứng viên từ cơ quan hành pháp người đứng đầu hành pháp phải đề cử ba ứng viên cho các chiến dịch tranh cử của mình. Người đắc cử có nghĩa vụ bổ nhiệm một trong số những ứng viên làm đại diện cho mình tại Thượng viện.